深圳市不动产登记中心是直属于深圳市规划和国土资源委员会的集中负责全市不动产登记工作的专门机构，下设办公室、计划财务科、档案数据科、法制事务科、质量督查科、信访咨询科、第一直属登记科、第二直属登记科、滨海登记科、宝安登记科、光明登记科、龙华登记科，龙岗登记科、布吉登记科、坪山登记科等15个机构。同时，根据实际工作需求，在深圳市中级人民法院设置查解封窗口，隶属法制事务科。
深圳市不动产登记中心主要负责全市土地和不动产初始登记、不动产转移登记、不动产抵押登记、查封等限制不动产权利登记、不动产变更及其他登记、撤销核准登记、预告登记等；负责办理不动产交易鉴证和商品房预售合同备案；承担不动产登记档案管理及查询；协助调解处理不动产纠纷；代税务部门和财政部门收取房地产转让、交易过程中的税费等。